工程中心依托单位清华大学是教育部直属重点综合性大学，拥有22个国家重点一级学科，其中，控制科学与工程、核科学与技术、信息与通信工程三个学科在最新的全国学科评估中均名列前茅，支撑了工程研究中心毫米波、太赫兹等六大核心技术的研发。工程物理系一直面向国家安全重大需求，为国家打私、反恐、国防装备检测等提供了高科技手段。电子工程系在生物特征识别方面有长期的研究基础，研究水平国际一流，并获得众多奖项和广泛应用。自动化系在过程控制领域的综合实力位居全国前列，其中动态系统故障诊断的理论研究成果在国际上处于先进行列。

共建单位同方威视技术股份有限公司（简称：同方威视，英文名称：NUCTECH）诞生于清华大学，是全球知名的提供安全检测产品和综合解决方案的高科技企业。安检产品服务于公共安全领域：边境、口岸、海关、航空、铁路等多个行业，出口全球170个国家和地区，在货物和车辆检查系统的市场占有率连续十三年世界第一。同方威视入选北京市第一批“隐形冠军”、工业互联网平台创新领航应用案例名单、中国企业科技创新百强名单，荣获国家级“绿色供应链管理企业”认定，入选美国权威科技信息评论杂志奖项“全球民航技术方案十大供应商”、“全球人工智能技术十大供应商”。

工程中心实行理事会领导、科技委指导下的主任负责制。理事会是宏观决策机构。科技委员会是工程中心的学术指导机构。工程中心设立新型扫描探测技术、安检大数据技术、快速安全检测技术、生物特征识别技术、公共技术及集成五个技术部。设立综合办公室具体负责各部门人、财、物的协调，对外信息交流及成果管理。